南通机场于1993年通航，是江苏最早通航的纯民用机场，民航局总体定位为“上海国际航空枢纽辅助机场”。2018年8月，正式组建南通机场集团有限公司，为市属一类企业。

在市委、市政府的正确领导下，机场发展步伐不断加快，服务地方经济发展能力持续提升。2015年成为一类开放口岸，2019年5.2万平方米新航站楼启用，飞行区等级4E，消防救援等级9级，应急救护等级8级，站坪面积25万平方米，停机位34个，配有无线电通信导航系统、双向I类进近仪表着落系统、助航灯光系统和飞机供油系统，满足客运、货运、通用航空的保障需求。主动对接长三角一体化发展战略，开创性推动民航华东空管局与市政府签署协议，2024年12月26日正式托管机场进近管制业务，机场容量提升至6万架次以上，成为华东第一家同享虹浦两场空管政策的机场，突破了体制约束，打开了空间格局，实现了“沪通空管一体化”。2024年全年旅客吞吐量410.25万人次，货邮吞吐量6.87万吨，增幅均超10%。目前通航近40座国际国内城市，引入过夜飞机10余架，日均航班起降近100架次。

江苏首家本土运输航空公司京东货航落户在这里，20多家客货运航空公司在这里运营；顺丰华东区域分拨中心、京东物流航空货运枢纽、民航校验飞行东方基地、深圳航空南通分公司、东海航空华东基地、南通机场恒力公务机楼相继落户。机场与中国商飞深化合作，成为国产飞机C919、ARJ21的重要交付机场。